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1937年7月抗日战争爆发,国土相继沦陷,为反对日本帝国主义的奴化教育,坚持抗战民族教育,国立北平大学医学院的部分师生纷纷要求学校西迁,同年11月到西安,在西安北大街租赁了部分楼房作为教室,成立了西安临时大学医学院。1938年4月,改称为国立国立西北联合大学,1939年8月,改称为国立西北医学院。
1978年国务院批转教育部文件,我院为卫生部所属高等医药院校, 1979年我院开始首次招收硕士研究生,共招收37名硕士研究生,学制三年。1981年我院生理学科获得国务院学位委员会首批博士、硕士学位授予权,人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、生物化学与分子生物学、内科学、外科学、影像医学与核医学、耳鼻咽喉科学、药理学、中西医结合临床、口腔临床医学同期获得硕士学位授予权。
1985年6月,经卫生部批复,同意我院改名为西安医科大学,1986年,国务院学位委员会公布了第三批学位授权名单,我校新增人体解剖学为博士学位授权点,法医学、皮肤病与性病学 、妇产科学、眼科学、劳动卫生与环境卫生学为硕士学位授权点。
2000年4月,西安医科大学与西安交通大学、陕西财经学院三校合并后,更名为西安交通大学医学院。医学院学科发展与研究生教育迈入一个新的阶段,2001年生理学、法医学被评为国家重点学科,2007年泌尿外科学被评为国家重点学科,皮肤病与性病学被评为国家重点学科培植学科。
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